据《千岛日报》11月2日报道：经几天连夜寻找，11月1日上午10时许，国民军海军两栖监视营一名潜水员Hendra Saputra在距离飞机失联前的最后位置500米，海底约30米深处找到黑匣子，随后打捞到技术研究与应用机构Baruna Jaya研究船上。该揭开飞机坠毁之谜的关键黑匣子完好。黑匣子直接交由国家运输安全委员会（KNKT）进一步调查。然而所寻获的黑匣子是飞行数据记录仪（FDR）部分，另驾驶舱语音记录器（CVR）部分尚未寻获。再者，黑匣子两个部分数据还须与其他如飞机维修记录、雷达记录等相关数据交叉检查，调查组由此才能准确地作出判断。

通过全球航班雷达应用可以看到，这架飞机在29号失联前的高度是900米左右，最高达到了约1500米，而按照正常情况，飞机在起飞13分钟后是可以飞到6000米高空的。有两名渔民29号在海上目击飞机坠毁后对路透社表示，飞机坠落时没有声响，只是轻微摇晃，下坠时机身几乎保持水平，只有机头略为朝下，机头碰到海面时，他们听到爆炸声，随后看到烟冒出来。

搜救工作进入第四天，共56袋尸骸已送往国家警察医院进行检验。由于遇难者遗体都残缺，身份核对过程十分困难。计有152名家属已进行DNA采样。